尽管系统软件开发定制具有诸多优势，但在实际开发过程中，企业和开发团队也会面临许多技术挑战。

1. 需求变化：需求在项目进行过程中可能会发生变化，这会影响项目进度和预算。为应对这一挑战，开发团队需要采用敏捷开发方法，快速响应需求调整。

2. 技术兼容性：企业现有系统与新定制软件之间的兼容性是一个重要问题。选择具有经验的开发团队和先进的技术框架可以降低风险。

3. 安全性：定制软件可能涉及敏感数据，确保其安全性是首要任务。使用加密技术和严格的权限管理机制是解决方案之一。

4. 项目管理：大规模的定制软件开发项目需要良好的项目管理，否则容易失控。采用现代化的项目管理工具和方法，如Scrum和Kanban，可以提高项目效率。

通过有效应对这些技术挑战，企业可以成功开发并部署定制化系统软件，从而实现业务目标。